Ο Μακαριώτατος, επεσήμανε ενώπιον της Δ.Ι.Σ. κατά την ημέρα των εργασιών στις 10/3/2009 ότι δέν μετείχε κατά Νόμο, στή σύνθεση του Πρωτοβαθμίου δι' Άρχιερείς Συνοδικού Δικαστηρίου, και τόνισε ότι ή άπόφαση άφορά μόνον σέ οικονομικά ζητήματα πού έχουν ανακύψει μεταξύ του Σεβασμιωτάτου Μητροπολίτου κ. Παντελεήμονος και τής Ιεράς Μονής Ευαγγελισμού τής Θεοτόκου Νέας Μάκρης και όχι σέ άλλες κρίσιμες παραμέτρους του θέματος.
Στή συνέχεια ό Αρχιεπίσκοπος υπογράμμισε, μεταξύ άλλων τήν ακράδαντη πίστη του ότι «ή υπόθεση έπρεπε νά παραπεμφθεί σέ δίκη, διότι έτσι μόνον θά δινόταν ή εύκαρία, ή αλήθεια νά άποκαλυφθεί μέσα από δικαστικές διαδικασίες μέ μαρτυρικές καταθέσεις».
Ολοκληρώνοντας, επρότεινε νά ζητηθεί άμεσα, και έν όψει τής αμετάκλητης απόφασης του Αρείου Πάγου, ή συνδρομή ειδημόνων και εμπείρων επιστημόνων γιά τήν ταχεία αντιμετώπιση του όλου θέματος, πού έχει ιδιαίτερη βαρύτητα γιά τήν μαρτυρία τής Εκκλησίας στήν κοινωνία.
Ή δε πρόταση του Μακαριωτάτου έγινε ομόφωνα αποδεκτή από τήν Διαρκή 'Ιερά Σύνοδο.